El "Modo Navi" presente en los relanzamientos de PlayStation (Complete Works) de los primeros seis juegos de Mega Man también se incluye en las versiones de Anniversary Collection. Este modo agrega ayudantes que proporcionan pistas del juego si el jugador necesita ayuda, revisa la apariencia de los medidores de salud y energía del arma y revisa las subpantallas de arma para los primeros tres juegos. Las versiones de PlayStation 2 y Xbox incluyen música arreglada para los primeros seis juegos, también originalmente presente en las versiones de Complete Works. También hay diferencias para los extras entre cada versión. La versión de PlayStation 2 presenta el episodio piloto de los dibujos animados de Mega Man de Ruby-Spears, mientras que las versiones de GameCube y Xbox presentan el episodio de Mega Man de los iconos de G4. La versión de Xbox también incluye el primer episodio del anime MegaMan NT Warrior y la capacidad de cambiar el esquema de control.

Existen algunas diferencias con los juegos originales en algunos casos. Varios de los juegos de Nintendo Entertainment System tienen sonido remezclado. En Mega Man 6, la música arreglada se domina incorrectamente y sufre de un pico máximo. En Mega Man 7, una instancia de la palabra "maldición" se cambió a "maldita" para retener una calificación E. Además, los gráficos de Mega Man alejándose del Castillo de Wily están ausentes de la secuencia de créditos, ya que los desarrolladores no pudieron portar ciertos efectos gráficos del Super Nintendo Entertainment System. En la versión de compilación de Mega Man 8, algunos de los clips de voz de Robot Masters se reproducen en tonos incorrectos. Se utiliza la versión PlayStation de Mega Man 8, a diferencia de la versión Sega Saturn que incluía características de bonificación y batallas de jefes adicionales.